Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS29Q9UBQ0 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS29Q9UBQ0 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS29Q9UBQ0 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8591.4 ms