Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
KLHL28Q9NXS3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
KLHL28Q9NXS3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms