Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
KLHDC3Q9BQ90 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
KLHDC3Q9BQ90 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHDC3Q9BQ90 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHDC3Q9BQ90 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.3 ms