Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC34.41■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
USP47Q96K76 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP47Q96K76 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC34.2■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
USP47Q96K76 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP47Q96K76 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP47Q96K76 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
USP47Q96K76 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms