Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC33.77■■■■□ 3
NPHP3Q7Z494 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC33.76■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC33.75■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
NPHP3Q7Z494 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC33.68■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP3Q7Z494 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC33.62■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC33.61■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC33.61■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.97
NPHP3Q7Z494 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms