Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH3P20585 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH3P20585 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH3P20585 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH3P20585 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH3P20585 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH3P20585 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH3P20585 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH3P20585 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH3P20585 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH3P20585 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH3P20585 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH3P20585 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH3P20585 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH3P20585 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH3P20585 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH3P20585 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH3P20585 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH3P20585 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH3P20585 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH3P20585 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH3P20585 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH3P20585 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH3P20585 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH3P20585 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH3P20585 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH3P20585 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH3P20585 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH3P20585 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH3P20585 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH3P20585 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH3P20585 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH3P20585 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH3P20585 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH3P20585 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH3P20585 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH3P20585 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms