Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS53Q5VIR6 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
VPS53Q5VIR6 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
VPS53Q5VIR6 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms