Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL4A4P53420 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL4A4P53420 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
COL4A4P53420 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms