Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
RNF40O75150 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
RNF40O75150 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
RNF40O75150 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
RNF40O75150 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
RNF40O75150 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
RNF40O75150 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
RNF40O75150 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
RNF40O75150 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
RNF40O75150 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RNF40O75150 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
RNF40O75150 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
RNF40O75150 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
RNF40O75150 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RNF40O75150 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
RNF40O75150 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
RNF40O75150 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
RNF40O75150 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
RNF40O75150 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
RNF40O75150 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
RNF40O75150 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
RNF40O75150 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
RNF40O75150 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
RNF40O75150 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
RNF40O75150 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
RNF40O75150 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
RNF40O75150 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RNF40O75150 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RNF40O75150 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
RNF40O75150 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
RNF40O75150 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
RNF40O75150 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
RNF40O75150 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RNF40O75150 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
RNF40O75150 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
RNF40O75150 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RNF40O75150 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RNF40O75150 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
RNF40O75150 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
RNF40O75150 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
RNF40O75150 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
RNF40O75150 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
RNF40O75150 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RNF40O75150 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RNF40O75150 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
RNF40O75150 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
RNF40O75150 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
RNF40O75150 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
RNF40O75150 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RNF40O75150 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RNF40O75150 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
RNF40O75150 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
RNF40O75150 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms