Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC39Q9UFE4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC39Q9UFE4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms