Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3Y7

KRT28, Keratin, type I cytoskeletal 28, humanhuman

Predictions only

Length 464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT28Q7Z3Y7 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.3■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.26■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
KRT28Q7Z3Y7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.22■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC34.2■■■■□ 3.07
KRT28Q7Z3Y7 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
KRT28Q7Z3Y7 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
KRT28Q7Z3Y7 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC34.07■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC34.03■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
KRT28Q7Z3Y7 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms