Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXD9P28356 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD9P28356 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXD9P28356 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD9P28356 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms