Protein–RNA interactions for Protein: Q6A163

KRT39, Keratin, type I cytoskeletal 39, humanhuman

Predictions only

Length 491 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT39Q6A163 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
KRT39Q6A163 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
KRT39Q6A163 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
KRT39Q6A163 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
KRT39Q6A163 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
KRT39Q6A163 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
KRT39Q6A163 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
KRT39Q6A163 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms