Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS3P0CW19 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS3P0CW19 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS3P0CW19 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS3P0CW19 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS3P0CW19 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS3P0CW19 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMS3P0CW19 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms