Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
VIMP08670 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VIMP08670 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VIMP08670 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VIMP08670 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VIMP08670 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VIMP08670 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VIMP08670 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VIMP08670 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VIMP08670 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VIMP08670 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
VIMP08670 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VIMP08670 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VIMP08670 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VIMP08670 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VIMP08670 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VIMP08670 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VIMP08670 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VIMP08670 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VIMP08670 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VIMP08670 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VIMP08670 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VIMP08670 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VIMP08670 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VIMP08670 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VIMP08670 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VIMP08670 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VIMP08670 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VIMP08670 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VIMP08670 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VIMP08670 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VIMP08670 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VIMP08670 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VIMP08670 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VIMP08670 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VIMP08670 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
VIMP08670 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VIMP08670 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VIMP08670 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
VIMP08670 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VIMP08670 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VIMP08670 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VIMP08670 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VIMP08670 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VIMP08670 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VIMP08670 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VIMP08670 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VIMP08670 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms