Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC34.98■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
NPHP3Q7Z494 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC34.93■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
NPHP3Q7Z494 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC34.88■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC34.87■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC34.87■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC34.87■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC34.84■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC34.82■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC34.82■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
NPHP3Q7Z494 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC34.77■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC34.77■■■■□ 3.16
NPHP3Q7Z494 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC34.76■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC34.76■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.2 ms