Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A3Q01955 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.76
COL4A3Q01955 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A3Q01955 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL4A3Q01955 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms