Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
RPL28P46779 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPL28P46779 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPL28P46779 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPL28P46779 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPL28P46779 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPL28P46779 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
RPL28P46779 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPL28P46779 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPL28P46779 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPL28P46779 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPL28P46779 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPL28P46779 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPL28P46779 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPL28P46779 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
RPL28P46779 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPL28P46779 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPL28P46779 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPL28P46779 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPL28P46779 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPL28P46779 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPL28P46779 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPL28P46779 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPL28P46779 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPL28P46779 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPL28P46779 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPL28P46779 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPL28P46779 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPL28P46779 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPL28P46779 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPL28P46779 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPL28P46779 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPL28P46779 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPL28P46779 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPL28P46779 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPL28P46779 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPL28P46779 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPL28P46779 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPL28P46779 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPL28P46779 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms