RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416021.5

SH3BP4-204, Transcript of SH3 domain binding protein 4, human

TSL 3

Gene SH3BP4, Length 593 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SH3BP4-204	ENST00000416021	DDX3X	O00571	662 aa	Known RBP eCLIP	21.77	■■□□□ 1.08	5e-22	■■■□□ 18.6
SH3BP4-204	ENST00000416021	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	17.67	■□□□□ 0.42	9e-15	■■□□□ 12.4
SH3BP4-204	ENST00000416021	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	23.72	■■□□□ 1.39	6e-14	■■■■■ 28.4
SH3BP4-204	ENST00000416021	CDC40	O60508	579 aa	Known RBP eCLIP	19.4	■□□□□ 0.7	1e-12	■□□□□ 11.3
SH3BP4-204	ENST00000416021	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	24.02	■■□□□ 1.44	2e-11	■■□□□ 11.4
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPL	P14866	589 aa	Known RBP eCLIP	21.89	■■□□□ 1.09	4e-11	■■■■■ 36.8
SH3BP4-204	ENST00000416021	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	19.15	■□□□□ 0.66	9e-11	■■■■■ 40.3
SH3BP4-204	ENST00000416021	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	23.58	■■□□□ 1.37	3e-9	■■■■■ 40.7
SH3BP4-204	ENST00000416021	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	23.4	■■□□□ 1.34	4e-9	■■■■■ 51.6
SH3BP4-204	ENST00000416021	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	29.52	■■■□□ 2.32	1e-8	■■□□□ 14.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	FASTKD2	Q9NYY8	710 aa	Known RBP eCLIP	21.91	■■□□□ 1.1	6e-8	■■■■■ 34.4
SH3BP4-204	ENST00000416021	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	23.89	■■□□□ 1.41	2e-7	■■□□□ 12.9
SH3BP4-204	ENST00000416021	PTBP1	P26599	531 aa	Known RBP eCLIP	16.23	■□□□□ 0.19	2e-7	■■■□□ 15.5
SH3BP4-204	ENST00000416021	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	23.57	■■□□□ 1.36	3e-7	■■□□□ 14.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.19	■■■□□ 2.9	5e-7	■■■■□ 21.5
SH3BP4-204	ENST00000416021	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	25.56	■■□□□ 1.68	5e-7	■■□□□ 14.3
SH3BP4-204	ENST00000416021	PRPF4	O43172	522 aa	Known RBP eCLIP	20.05	■□□□□ 0.8	7e-7	■■□□□ 13.6
SH3BP4-204	ENST00000416021	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	21.93	■■□□□ 1.1	8e-7	■■□□□ 11.9
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPK	P61978	463 aa	Known RBP eCLIP	21.15	■□□□□ 0.98	8e-7	■■■■□ 22.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	FAM120A	Q9NZB2	1118 aa	Known RBP eCLIP	22.7	■■□□□ 1.22	8e-7	■■□□□ 12.1
SH3BP4-204	ENST00000416021	AGGF1	Q8N302	714 aa	eCLIP	20.57	■□□□□ 0.88	8e-7	■■■□□ 15.7
SH3BP4-204	ENST00000416021	PCBP2	Q15366	365 aa	Known RBP eCLIP	19.94	■□□□□ 0.78	9e-7	■■■■■ 31.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	19.73	■□□□□ 0.75	9e-7	■□□□□ 11.1
SH3BP4-204	ENST00000416021	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	23.17	■■□□□ 1.3	9e-7	■■■■■ 27
SH3BP4-204	ENST00000416021	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	23.1	■■□□□ 1.29	9e-7	■■■■□ 23.8
SH3BP4-204	ENST00000416021	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	24.32	■■□□□ 1.48	1e-6	■□□□□ 11.1
SH3BP4-204	ENST00000416021	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	23.48	■■□□□ 1.35	1e-6	■■■■□ 19.5
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPC	P07910	306 aa	Known RBP eCLIP	15.69	■□□□□ 0.1	1e-6	■□□□□ 10.4
SH3BP4-204	ENST00000416021	RBFOX2	O43251	390 aa	Known RBP eCLIP	16.37	■□□□□ 0.21	1e-6	■■■□□ 16.6
SH3BP4-204	ENST00000416021	XRN2	Q9H0D6	950 aa	Known RBP eCLIP	24.76	■■□□□ 1.55	1e-6	■■■■□ 22.7
SH3BP4-204	ENST00000416021	DGCR8	Q8WYQ5	773 aa	Known RBP eCLIP	19.93	■□□□□ 0.78	1e-6	■■■■■ 56.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	36.88	■■■■□ 3.49	2e-6	■■□□□ 13.1
SH3BP4-204	ENST00000416021	EFTUD2	Q15029	972 aa	Known RBP eCLIP	20.16	■□□□□ 0.82	2e-6	■□□□□ 9.1
SH3BP4-204	ENST00000416021	NCBP2	P52298	156 aa	Known RBP eCLIP	19.45	■□□□□ 0.7	2e-6	■■□□□ 13.5
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	26.87	■■□□□ 1.89	2e-6	■■□□□ 12
SH3BP4-204	ENST00000416021	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	17.19	■□□□□ 0.34	2e-6	■■■□□ 16.8
SH3BP4-204	ENST00000416021	STAU2	Q9NUL3	570 aa	Known RBP eCLIP	21.49	■■□□□ 1.03	2e-6	■■■■□ 24
SH3BP4-204	ENST00000416021	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	26.09	■■□□□ 1.77	3e-6	■■□□□ 14.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	ILF3	Q12906	894 aa	Known RBP eCLIP	20.94	■□□□□ 0.94	3e-6	■■□□□ 11.8
SH3BP4-204	ENST00000416021	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	22.15	■■□□□ 1.14	4e-6	■■□□□ 12
SH3BP4-204	ENST00000416021	FUS	P35637	526 aa	Known RBP eCLIP	14.08	□□□□□ -0.16	4e-6	■■■□□ 17.3
SH3BP4-204	ENST00000416021	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	23.97	■■□□□ 1.43	4e-6	■■■□□ 14.7
SH3BP4-204	ENST00000416021	TBRG4	Q969Z0	631 aa	Known RBP eCLIP	20.68	■□□□□ 0.9	4e-6	■■■■■ 39.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	HNRNPUL1	Q9BUJ2	856 aa	Known RBP eCLIP	21.74	■■□□□ 1.07	5e-6	■□□□□ 10.5
SH3BP4-204	ENST00000416021	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	27.48	■■□□□ 1.99	7e-6	■■■□□ 17.2
SH3BP4-204	ENST00000416021	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	26.18	■■□□□ 1.78	8e-6	■■■□□ 15.8

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