RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	FUM1	P08417	488 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	POL4	P25615	582 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	MST28	P39552	234 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	ALG5	P40350	334 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	SYG1	P40528	902 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	TRS85	P46944	698 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	SSN8	P47821	323 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	LCL3	P53153	274 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	HXT11	P54862	567 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	VHS1	Q03785	461 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	MUM3	Q08750	479 aa		2.53	□□□□□ -2
VAR1	Q0140	LEU4	P06208	619 aa	Known RBP	2.52	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YHR131C	P38835	850 aa		2.52	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	MBB1	P39534	108 aa		2.52	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	UTP18	P40362	594 aa	Predicted RBP	2.52	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	POP1	P41812	875 aa		2.52	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	TRP1	P00912	224 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	CHK1	P38147	527 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	CCT6	P39079	546 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	ERP2	P39704	215 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YKU80	Q04437	629 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YPQ1	Q12010	308 aa		2.51	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YCK1	P23291	538 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YBL029W	P38201	376 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	LAM5	P43560	674 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	PPM1	Q04081	328 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	ECM11	Q04110	302 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	MFB1	Q04922	465 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YPS3	Q12303	508 aa		2.5	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	RAV1	P47104	1357 aa		2.49	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	RPL19A	P0CX82	189 aa	Known RBP	2.49	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	RPL19B	P0CX83	189 aa	Predicted RBP	2.49	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	NPL6	P32832	435 aa		2.49	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	VID30	P53076	958 aa		2.49	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	POP5	P28005	173 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	RRN3	P36070	627 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	SEO1	P39709	593 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	DPH1	P40487	425 aa	Known RBP	2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	CHS6	P40955	746 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	SSU1	P41930	458 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	IMD4	P50094	524 aa	Known RBP	2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YPR091C	Q06833	770 aa		2.48	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	YLL032C	Q07834	825 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.48	□□□□□ -2.01	not detected
VAR1	Q0140	YCR041W	P37265	110 aa		2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	CBP4	P37267	147 aa		2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	AIM10	P39965	576 aa	Known RBP	2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	PDS5	Q04264	1277 aa		2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	SOV1	Q04748	898 aa		2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	SSP2	Q08646	371 aa		2.47	□□□□□ -2.01
VAR1	Q0140	TIP1	P27654	210 aa	Predicted RBP	2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MUM2	P38236	366 aa		2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	KEL1	P38853	1164 aa	Known RBP	2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	SLG1	P54867	378 aa		2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YMR181C	Q03231	154 aa		2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MRD1	Q06106	887 aa	Known RBP	2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PKH2	Q12236	1081 aa	Known RBP	2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YPT6	Q99260	215 aa		2.46	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	CHS3	P29465	1165 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	ARA1	P38115	344 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MRPS9	P38120	278 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YBR137W	P38276	179 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	VPS38	Q05919	439 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YEH1	Q07804	573 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	TIM18	Q08749	192 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	RLM1	Q12224	676 aa		2.45	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	CYC3	P06182	269 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	KAR9	P32526	644 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	TCD2	P36101	447 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YMR147W	P40218	223 aa	Known RBP	2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YIP1	P53039	248 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PCP1	P53259	346 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YDR239C	Q03780	787 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	FIN1	Q03898	291 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PRM7	Q12459	698 aa		2.44	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	DFG10	P40526	253 aa		2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	OCA1	P50946	238 aa	Predicted RBP	2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	AIM32	Q04689	311 aa		2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PLP2	Q12017	286 aa		2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	RFM1	Q12192	310 aa		2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	NOP58	Q12499	511 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PSK1	P31374	1356 aa		2.43	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	SLY1	P22213	666 aa		2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	ITR1	P30605	584 aa		2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	CSE2	P33308	149 aa		2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	REG2	P38232	338 aa		2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	SNX3	Q08826	162 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YBR126W-A	Q8TGU7	68 aa		2.42	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PRD1	P25375	712 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	PEP3	P27801	918 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MUD1	P32605	298 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	TIM17	P39515	158 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	MIG3	P39943	394 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	NGL3	Q03210	505 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	YPR022C	Q12139	1133 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	RRD2	Q12461	358 aa		2.41	□□□□□ -2.02
VAR1	Q0140	IES5	P40060	125 aa		2.4	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	2.4	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	TOP1	P04786	769 aa		2.39	□□□□□ -2.03

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