RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	MTC1	P47018	478 aa	Known RBP	25.26	■■□□□ 1.63
VAR1	Q0140	FAP1	P53971	965 aa		25.21	■■□□□ 1.63
VAR1	Q0140	PRY3	P47033	881 aa		23.79	■■□□□ 1.4
VAR1	Q0140	AAD16	Q02895	342 aa		22.65	■■□□□ 1.22
VAR1	Q0140	PRI1	P10363	409 aa		22.52	■■□□□ 1.2
VAR1	Q0140	YCK3	P39962	524 aa		22.44	■■□□□ 1.18
VAR1	Q0140	HAA1	Q12753	694 aa	Known RBP	22.14	■■□□□ 1.13
VAR1	Q0140	DRS1	P32892	752 aa	Known RBP	21.44	■■□□□ 1.02
VAR1	Q0140	ISW2	Q08773	1120 aa		21.39	■■□□□ 1.01
VAR1	Q0140	RPG1	P38249	964 aa	Known RBP	21.27	■■□□□ 1
VAR1	Q0140	TSR3	Q12094	313 aa	Known RBP	21.2	■□□□□ 0.98
VAR1	Q0140	MRPL32	P25348	183 aa		20.33	■□□□□ 0.85
VAR1	Q0140	YGL015C	P33199	130 aa		20.09	■□□□□ 0.81
VAR1	Q0140	DIP2	Q12220	943 aa	Predicted RBP	19.57	■□□□□ 0.72
VAR1	Q0140	RSE1	Q04693	1361 aa	Known RBP	19.51	■□□□□ 0.71
VAR1	Q0140	BUD31	P25337	157 aa	Predicted RBP	19.39	■□□□□ 0.69
VAR1	Q0140	REB1	P21538	810 aa		19.16	■□□□□ 0.66
VAR1	Q0140	RPL17A	P05740	184 aa	Known RBP	19.06	■□□□□ 0.64
VAR1	Q0140	RPL17B	P46990	184 aa	Known RBP	19.06	■□□□□ 0.64
VAR1	Q0140	CDC27	P38042	758 aa		18.99	■□□□□ 0.63
VAR1	Q0140	UBP10	P53874	792 aa	Predicted RBP	18.66	■□□□□ 0.58
VAR1	Q0140	MAP2	P38174	421 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
VAR1	Q0140	YKR023W	P36119	530 aa	Known RBP	18.39	■□□□□ 0.53
VAR1	Q0140	SIS1	P25294	352 aa	Known RBP	18.25	■□□□□ 0.51
VAR1	Q0140	AVT3	P36062	692 aa		18.25	■□□□□ 0.51
VAR1	Q0140	SPT21	P35209	758 aa		18.09	■□□□□ 0.49
VAR1	Q0140	DCD1	P06773	312 aa		18.04	■□□□□ 0.48
VAR1	Q0140	HO	P09932	586 aa		18.03	■□□□□ 0.48
VAR1	Q0140	TFC8	Q12308	588 aa		18	■□□□□ 0.47
VAR1	Q0140	UBP9	P39967	754 aa		17.97	■□□□□ 0.47
VAR1	Q0140	TIF4632	P39936	914 aa	Known RBP	17.91	■□□□□ 0.46
VAR1	Q0140	TGL3	P40308	642 aa		17.86	■□□□□ 0.45
VAR1	Q0140	SCY1	P53009	804 aa		17.86	■□□□□ 0.45
VAR1	Q0140	SLX5	P32828	619 aa	Known RBP	17.73	■□□□□ 0.43
VAR1	Q0140	BCH2	P36122	765 aa		17.34	■□□□□ 0.37
VAR1	Q0140	YBL029C-A	Q3E756	94 aa		16.99	■□□□□ 0.31
VAR1	Q0140	RIM101	P33400	625 aa		16.95	■□□□□ 0.3
VAR1	Q0140	MST1	P07236	462 aa		16.87	■□□□□ 0.29
VAR1	Q0140	BFR2	Q06631	534 aa	Known RBP	16.77	■□□□□ 0.28
VAR1	Q0140	BDF1	P35817	686 aa		16.74	■□□□□ 0.27
VAR1	Q0140	EPS1	P40557	701 aa		16.74	■□□□□ 0.27
VAR1	Q0140	YOR238W	Q08634	303 aa		16.7	■□□□□ 0.26
VAR1	Q0140	VNX1	P42839	908 aa		16.68	■□□□□ 0.26
VAR1	Q0140	SPP1	Q03012	353 aa		16.52	■□□□□ 0.24
VAR1	Q0140	NSR1	P27476	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	16.42	■□□□□ 0.22	not detected
VAR1	Q0140	AIR2	Q12476	344 aa	Known RBP	16.42	■□□□□ 0.22
VAR1	Q0140	WSC3	Q12215	556 aa		16.4	■□□□□ 0.22
VAR1	Q0140	OXP1	P28273	1286 aa		16.35	■□□□□ 0.21
VAR1	Q0140	YJL171C	P46992	396 aa		16.35	■□□□□ 0.21
VAR1	Q0140	FKH1	P40466	484 aa		16.3	■□□□□ 0.2
VAR1	Q0140	YAP5	P40574	245 aa		16.28	■□□□□ 0.2
VAR1	Q0140	TIF11	P38912	153 aa	Known RBP	16.2	■□□□□ 0.18
VAR1	Q0140	PTP3	P40048	928 aa		16.17	■□□□□ 0.18
VAR1	Q0140	YIL055C	P40523	627 aa	Known RBP	16.06	■□□□□ 0.16
VAR1	Q0140	BBC1	P47068	1157 aa		16.02	■□□□□ 0.16
VAR1	Q0140	LDB19	Q12502	818 aa		16	■□□□□ 0.15
VAR1	Q0140	GTT3	P39996	337 aa		15.99	■□□□□ 0.15
VAR1	Q0140	BMT6	Q12291	365 aa		15.96	■□□□□ 0.15
VAR1	Q0140	AI2	P03876	854 aa		15.89	■□□□□ 0.13
VAR1	Q0140	ULI1	P43604	169 aa		15.88	■□□□□ 0.13
VAR1	Q0140	IOC2	Q12072	812 aa		15.88	■□□□□ 0.13
VAR1	Q0140	RSM7	P47150	247 aa		15.85	■□□□□ 0.13
VAR1	Q0140	PIB1	Q06651	286 aa		15.68	■□□□□ 0.1
VAR1	Q0140	YAH1	Q12184	172 aa	Known RBP	15.57	■□□□□ 0.08
VAR1	Q0140	MSB4	Q12317	492 aa		15.51	■□□□□ 0.07
VAR1	Q0140	RTG1	P32607	177 aa		15.5	■□□□□ 0.07
VAR1	Q0140	EAP1	P36041	632 aa	Known RBP	15.47	■□□□□ 0.07
VAR1	Q0140	NCR1	Q12200	1170 aa		15.44	■□□□□ 0.06
VAR1	Q0140	TRP5	P00931	707 aa	Known RBP	15.38	■□□□□ 0.05
VAR1	Q0140	SET4	P42948	560 aa		15.36	■□□□□ 0.05
VAR1	Q0140	YOL036W	Q08206	761 aa		15.35	■□□□□ 0.05
VAR1	Q0140	YNL035C	P53962	389 aa	Known RBP	15.27	■□□□□ 0.04
VAR1	Q0140	SEC61	P32915	480 aa		15.26	■□□□□ 0.03
VAR1	Q0140	MRM1	P25270	412 aa		15.22	■□□□□ 0.03
VAR1	Q0140	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	15.22	■□□□□ 0.03
VAR1	Q0140	YLR271W	Q06152	274 aa		15.21	■□□□□ 0.03
VAR1	Q0140	BCK2	P33306	851 aa		15.13	■□□□□ 0.01
VAR1	Q0140	TFG1	P41895	735 aa	Predicted RBP	15.06	■□□□□ 0
VAR1	Q0140	SAP30	P38429	201 aa		15.05	■□□□□ -0
VAR1	Q0140	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	15	□□□□□ -0.01
VAR1	Q0140	YMR1	P47147	688 aa	Known RBP RIP-Chip data	14.99	□□□□□ -0.01	not detected
VAR1	Q0140	VMA1	P17255	1071 aa	Known RBP	14.97	□□□□□ -0.01
VAR1	Q0140	YFR006W	P43590	535 aa		14.96	□□□□□ -0.01
VAR1	Q0140	CHL1	P22516	861 aa	Predicted RBP	14.95	□□□□□ -0.02
VAR1	Q0140	SAM3	Q08986	587 aa		14.94	□□□□□ -0.02
VAR1	Q0140	DAN4	P47179	1161 aa		14.93	□□□□□ -0.02
VAR1	Q0140	VPS29	P38759	282 aa		14.92	□□□□□ -0.02
VAR1	Q0140	YDL129W	Q07555	291 aa		14.87	□□□□□ -0.03
VAR1	Q0140	PRE3	P38624	215 aa		14.85	□□□□□ -0.03
VAR1	Q0140	STS1	P38637	319 aa		14.84	□□□□□ -0.03
VAR1	Q0140	JIP4	Q03361	876 aa		14.83	□□□□□ -0.04
VAR1	Q0140	RTG3	P38165	486 aa		14.71	□□□□□ -0.05
VAR1	Q0140	ABP1	P15891	592 aa	Known RBP	14.64	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	XDJ1	P39102	459 aa		14.64	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	GYP5	Q12344	894 aa		14.64	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	VRP1	P37370	817 aa		14.62	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	HTA1	P04911	132 aa	Known RBP	14.6	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	HTA2	P04912	132 aa		14.6	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	PTC4	P38089	393 aa		14.59	□□□□□ -0.07
VAR1	Q0140	CST9	Q06032	482 aa		14.58	□□□□□ -0.08

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