RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488905.1

HDAC6-231, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 492 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-231	ENST00000488905	KIF27	Q86VH2	1401 aa		32.36	■■■□□ 2.77
HDAC6-231	ENST00000488905	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		32.33	■■■□□ 2.77
HDAC6-231	ENST00000488905	IGF1R	P08069	1367 aa		32.31	■■■□□ 2.76
HDAC6-231	ENST00000488905	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		32.26	■■■□□ 2.76
HDAC6-231	ENST00000488905	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		32.19	■■■□□ 2.74
HDAC6-231	ENST00000488905	MAPKBP1	O60336	1514 aa		32.14	■■■□□ 2.74
HDAC6-231	ENST00000488905	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		32.1	■■■□□ 2.73
HDAC6-231	ENST00000488905	DIP2B	Q9P265	1576 aa		32.07	■■■□□ 2.72
HDAC6-231	ENST00000488905	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		32.06	■■■□□ 2.72
HDAC6-231	ENST00000488905	IQGAP2	Q13576	1575 aa		32.03	■■■□□ 2.72
HDAC6-231	ENST00000488905	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	32.02	■■■□□ 2.72
HDAC6-231	ENST00000488905	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		31.94	■■■□□ 2.7
HDAC6-231	ENST00000488905	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		31.93	■■■□□ 2.7
HDAC6-231	ENST00000488905	PTPRG	P23470	1445 aa		31.92	■■■□□ 2.7
HDAC6-231	ENST00000488905	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.92	■■■□□ 2.7
HDAC6-231	ENST00000488905	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		31.89	■■■□□ 2.7
HDAC6-231	ENST00000488905	TSPOAP1	O95153	1857 aa		31.86	■■■□□ 2.69
HDAC6-231	ENST00000488905	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		31.86	■■■□□ 2.69
HDAC6-231	ENST00000488905	ABCC2	Q92887	1545 aa		31.84	■■■□□ 2.69
HDAC6-231	ENST00000488905	DISP1	Q96F81	1524 aa		31.83	■■■□□ 2.69
HDAC6-231	ENST00000488905	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		31.8	■■■□□ 2.68
HDAC6-231	ENST00000488905	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	31.79	■■■□□ 2.68
HDAC6-231	ENST00000488905	KDM6B	O15054	1643 aa		31.77	■■■□□ 2.68
HDAC6-231	ENST00000488905	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		31.77	■■■□□ 2.68
HDAC6-231	ENST00000488905	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		31.76	■■■□□ 2.68
HDAC6-231	ENST00000488905	KIAA0556	O60303	1618 aa		31.75	■■■□□ 2.67
HDAC6-231	ENST00000488905	UACA	Q9BZF9	1416 aa		31.71	■■■□□ 2.67
HDAC6-231	ENST00000488905	ASXL2	Q76L83	1435 aa		31.69	■■■□□ 2.66
HDAC6-231	ENST00000488905	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		31.68	■■■□□ 2.66
HDAC6-231	ENST00000488905	GLI2	P10070	1586 aa		31.66	■■■□□ 2.66
HDAC6-231	ENST00000488905	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	31.65	■■■□□ 2.66
HDAC6-231	ENST00000488905	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		31.63	■■■□□ 2.65
HDAC6-231	ENST00000488905	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	31.63	■■■□□ 2.65
HDAC6-231	ENST00000488905	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		31.53	■■■□□ 2.64
HDAC6-231	ENST00000488905	PRX	Q9BXM0	1461 aa		31.53	■■■□□ 2.64
HDAC6-231	ENST00000488905	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	31.52	■■■□□ 2.64
HDAC6-231	ENST00000488905	GOLGA3	Q08378	1498 aa		31.51	■■■□□ 2.63
HDAC6-231	ENST00000488905	ABCA8	O94911	1581 aa		31.43	■■■□□ 2.62
HDAC6-231	ENST00000488905	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		31.42	■■■□□ 2.62
HDAC6-231	ENST00000488905	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		31.38	■■■□□ 2.61
HDAC6-231	ENST00000488905	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		31.32	■■■□□ 2.6
HDAC6-231	ENST00000488905	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		31.31	■■■□□ 2.6
HDAC6-231	ENST00000488905	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	31.3	■■■□□ 2.6
HDAC6-231	ENST00000488905	SAMD9	Q5K651	1589 aa		31.25	■■■□□ 2.59
HDAC6-231	ENST00000488905	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		31.19	■■■□□ 2.58
HDAC6-231	ENST00000488905	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		31.18	■■■□□ 2.58
HDAC6-231	ENST00000488905	CD109	Q6YHK3	1445 aa		31.17	■■■□□ 2.58
HDAC6-231	ENST00000488905	ADGRL1	O94910	1474 aa		31.17	■■■□□ 2.58
HDAC6-231	ENST00000488905	EEA1	Q15075	1411 aa		31.15	■■■□□ 2.58
HDAC6-231	ENST00000488905	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		31.12	■■■□□ 2.57
HDAC6-231	ENST00000488905	P3H3	Q8IVL6	736 aa		31.11	■■■□□ 2.57
HDAC6-231	ENST00000488905	KCNH8	Q96L42	1107 aa		31.11	■■■□□ 2.57
HDAC6-231	ENST00000488905	ATP10B	O94823	1461 aa		31.09	■■■□□ 2.57
HDAC6-231	ENST00000488905	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	31.08	■■■□□ 2.57
HDAC6-231	ENST00000488905	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		31.04	■■■□□ 2.56
HDAC6-231	ENST00000488905	ARID3C	A6NKF2	412 aa		31.03	■■■□□ 2.56
HDAC6-231	ENST00000488905	KIF21B	O75037	1637 aa		30.99	■■■□□ 2.55
HDAC6-231	ENST00000488905	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	30.95	■■■□□ 2.55
HDAC6-231	ENST00000488905	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		30.95	■■■□□ 2.55
HDAC6-231	ENST00000488905	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		30.95	■■■□□ 2.54
HDAC6-231	ENST00000488905	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		30.91	■■■□□ 2.54
HDAC6-231	ENST00000488905	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	30.87	■■■□□ 2.53
HDAC6-231	ENST00000488905	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		30.83	■■■□□ 2.53
HDAC6-231	ENST00000488905	NEO1	Q92859	1461 aa		30.82	■■■□□ 2.53
HDAC6-231	ENST00000488905	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	30.82	■■■□□ 2.52
HDAC6-231	ENST00000488905	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	30.82	■■■□□ 2.52
HDAC6-231	ENST00000488905	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		30.79	■■■□□ 2.52
HDAC6-231	ENST00000488905	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		30.77	■■■□□ 2.52
HDAC6-231	ENST00000488905	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		30.71	■■■□□ 2.51
HDAC6-231	ENST00000488905	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		30.7	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	30.68	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	RICTOR	Q6R327	1708 aa		30.67	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	RAPGEF3	O95398	923 aa		30.67	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	30.67	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		30.66	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		30.65	■■■□□ 2.5
HDAC6-231	ENST00000488905	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		30.63	■■■□□ 2.49
HDAC6-231	ENST00000488905	HECW1	Q76N89	1606 aa		30.62	■■■□□ 2.49
HDAC6-231	ENST00000488905	FANCA	O15360	1455 aa		30.62	■■■□□ 2.49
HDAC6-231	ENST00000488905	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		30.61	■■■□□ 2.49
HDAC6-231	ENST00000488905	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	30.58	■■■□□ 2.49
HDAC6-231	ENST00000488905	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		30.57	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	FMN1	Q68DA7	1419 aa		30.57	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	AKNA	Q7Z591	1439 aa		30.57	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		30.57	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	30.56	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		30.56	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		30.53	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	PTPRM	P28827	1452 aa		30.52	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	MADD	Q8WXG6	1647 aa		30.52	■■■□□ 2.48
HDAC6-231	ENST00000488905	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		30.5	■■■□□ 2.47
HDAC6-231	ENST00000488905	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		30.47	■■■□□ 2.47
HDAC6-231	ENST00000488905	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		30.44	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	KIF14	Q15058	1648 aa		30.44	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	PLCH2	O75038	1416 aa		30.43	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	30.43	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	30.42	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		30.42	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	30.4	■■■□□ 2.46
HDAC6-231	ENST00000488905	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		30.39	■■■□□ 2.46

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