RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000378825.4

CCDC3-201, Transcript of coiled-coil domain containing 3, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CCDC3, Length 2,731 nt, Biotype protein coding.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3-201ENST00000378825 MAPKBP1O60336 1514 aa26.51■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 SIN3AQ96ST3 1273 aa26.51■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa26.49■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP26.49■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 FANCD2Q9BXW9 1451 aa26.47■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 FKBP8Q14318 412 aa26.45■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 P3H3Q8IVL6 736 aa26.44■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 NESP48681 1621 aa26.44■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 ANP32EQ9BTT0 268 aa26.41■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 WDR97A6NE52 1622 aa26.4■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa26.4■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP26.35■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP26.34■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 TRIM52Q96A61 297 aa26.33■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 PHLDB1Q86UU1 1377 aa26.32■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 SETD5Q9C0A6 1442 aa26.31■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.3■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP26.28■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 TIAM1Q13009 1591 aa26.26■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP26.26■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 TOPBP1Q92547 1522 aa26.25■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 DNMBPQ6XZF7 1577 aa26.22■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa26.2■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 FHOD3Q2V2M9 1422 aa26.17■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.16■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP26.15■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP26.11■■□□□ 1.77
CCDC3-201ENST00000378825 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP26.1■■□□□ 1.77
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CCDC3-201ENST00000378825 ANP32CO43423 234 aa26.08■■□□□ 1.76
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CCDC3-201ENST00000378825 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.07■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 MAP3K1Q13233 1512 aa26.05■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 CCER2I3L3R5 266 aa26.01■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 BCL11AQ9H165 835 aa26.01■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP26■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa25.98■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 MSH5O43196 834 aa25.94■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CFAP43Q8NDM7 1665 aa25.93■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CUL7Q14999 1698 aa25.92■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa25.92■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 TONSLQ96HA7 1378 aa25.91■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 PDS5BQ9NTI5 1447 aa25.91■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 GAPVD1Q14C86 1478 aa25.9■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.89■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.88■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP25.87■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 EFCAB5A4FU69 1503 aa25.87■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa25.86■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 PTPRKQ15262 1439 aa25.86■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa25.83■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa25.82■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 CCDC18Q5T9S5 1454 aa25.82■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 FMN1Q68DA7 1419 aa25.8■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.79■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 FGD6Q6ZV73 1430 aa25.79■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP25.78■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa25.78■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 CCDC184Q52MB2 194 aa25.75■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 ARID3CA6NKF2 412 aa25.72■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 UACAQ9BZF9 1416 aa25.71■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 WASHC2AQ641Q2 1341 aa25.71■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 KDM5BQ9UGL1 1544 aa25.7■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP25.7■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 HFM1A2PYH4 1435 aa25.68■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 PTPN23Q9H3S7 1636 aa25.68■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 NAIPQ13075 1403 aa25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 SAMD9Q5K651 1589 aa25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa25.65■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.65■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa25.64■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP25.63■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 GRIN2BQ13224 1484 aa25.62■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 NCOA2Q15596 1464 aa25.61■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP25.58■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 FOXD1Q16676 465 aa25.57■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 FAM9BQ8IZU0 186 aa25.56■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 FANCIQ9NVI1 1328 aa25.56■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 MYOM3Q5VTT5 1437 aa25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa25.53■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 PBRM1Q86U86 1689 aa25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 MRC2Q9UBG0 1479 aa25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 ERICH6Q7L0X2 663 aa25.49■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP25.48■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 KDM6BO15054 1643 aa25.47■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 L3MBTL2Q969R5 705 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 PPP4R2Q9NY27 417 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 IQGAP2Q13576 1575 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.45■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 ADAMTS12P58397 1594 aa25.45■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP25.45■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP25.44■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 MRS2Q9HD23 443 aa25.44■■□□□ 1.66
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