RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	VPS72	Q03388	795 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	SMC5	Q08204	1093 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YDR524C-B	Q3E6R4	66 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DDP1	Q99321	188 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RPL22A	P05749	121 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TCP1	P12612	559 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	HIR1	P32479	840 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	WHI3	P34761	661 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ATG19	P35193	415 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DJP1	P40564	432 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	AZR1	P50080	613 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	LCD1	Q04377	747 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	COQ9	Q05779	260 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YOR223W	Q12015	292 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RIF1	P29539	1916 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	PFK1	P16861	987 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	CDC15	P27636	974 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	MSS51	P32335	436 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	COT1	P32798	439 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YKT6	P36015	200 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	POL12	P38121	705 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	CIN4	P39110	191 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	EAF5	P39995	279 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YPT11	P48559	417 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ARK1	P53974	638 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	SEC5	P89102	971 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RNT1	Q02555	471 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	NOC3	Q07896	663 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	PSR2	Q07949	397 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YPR117W	Q06116	2489 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	FUR4	P05316	633 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	GPA1	P08539	472 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DBP5	P20449	482 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	PPS1	P38148	807 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RKM3	P38222	552 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TVP23	P38962	199 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YER130C	P39959	443 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RSM25	P40496	264 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	MMM1	P41800	426 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	SAD1	P43589	448 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	STU2	P46675	888 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ACF4	P47129	309 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	SGM1	P47166	707 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	VPS60	Q03390	229 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YDL057W	Q07379	328 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ETT1	Q08421	412 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	HFI1	Q12060	488 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	HIF1	Q12373	385 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DFG16	Q99234	619 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	PCK1	P10963	549 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TAF13	P11747	167 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.92	□□□□□ -1.62	not detected
UBI4	YLL039C	SAC6	P32599	642 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DID4	P36108	232 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ERC1	P38767	581 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	ECL1	P48235	211 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RTT102	P53330	157 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	HOS3	Q02959	697 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	CUR1	Q06469	252 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	IES4	Q08561	116 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	WHI2	P12611	486 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RPC53	P25441	422 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	FUB1	P25659	250 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DPH2	P32461	534 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TMT1	P32643	299 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YSC83	P32792	385 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	LTV1	P34078	463 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	VPS35	P34110	944 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	UBP13	P38187	747 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	POA1	P38218	177 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	RVS167	P39743	482 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TOF1	P53840	1238 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YNL146W	P53906	100 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	MUK1	Q02866	612 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	VMS1	Q04311	632 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	TLG2	Q08144	397 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	YPL277C	Q08989	487 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	OSW2	Q12202	724 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	UBR2	Q07963	1872 aa		4.9	□□□□□ -1.62
UBI4	YLL039C	DAL7	P21826	554 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	RPN12	P32496	274 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	YKL091C	P33324	310 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	BYE1	P36106	594 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	RIM11	P38615	370 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	BCD1	P38772	366 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	HUL4	P40985	892 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	GCV1	P48015	400 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	FOL2	P51601	243 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	NBP1	P52919	319 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	TAM41	P53230	385 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	ENV11	P53246	860 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	EAR1	Q03212	550 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	DOT1	Q04089	582 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBI4	YLL039C	TCO89	Q08921	799 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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