Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS29Q9UBQ0 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS29Q9UBQ0 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS29Q9UBQ0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS29Q9UBQ0 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms