Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VCX3AQ9NNX9 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VCX3AQ9NNX9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VCX3AQ9NNX9 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VCX3AQ9NNX9 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms