Protein–RNA interactions for Protein: Q494X3

ZNF404, Zinc finger protein 404, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF404Q494X3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF404Q494X3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF404Q494X3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF404Q494X3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF404Q494X3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms