Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC61Q9Y6R9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC61Q9Y6R9 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC61Q9Y6R9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC35.55■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.53■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
CCDC61Q9Y6R9 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC35.45■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
CCDC61Q9Y6R9 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC35.44■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC61Q9Y6R9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC35.36■■■■□ 3.25
CCDC61Q9Y6R9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms