Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC30.83■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC30.81■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC30.8■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC30.8■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC30.8■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC30.8■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.79■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
USP40Q9NVE5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.74■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
USP40Q9NVE5 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC30.66■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.65■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC30.64■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
USP40Q9NVE5 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC30.6■■■□□ 2.49
USP40Q9NVE5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 128.9 ms