Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC28BQ9BUN5 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC28BQ9BUN5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC28BQ9BUN5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC28BQ9BUN5 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC28BQ9BUN5 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC28BQ9BUN5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC28BQ9BUN5 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms