Protein–RNA interactions for Protein: Q4VC31

CCDC58, Coiled-coil domain-containing protein 58, humanhuman

Predictions only

Length 144 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC58Q4VC31 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC58Q4VC31 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC58Q4VC31 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC58Q4VC31 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC58Q4VC31 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms