Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIM2P55344 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIM2P55344 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIM2P55344 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIM2P55344 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIM2P55344 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIM2P55344 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIM2P55344 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIM2P55344 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIM2P55344 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIM2P55344 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIM2P55344 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIM2P55344 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIM2P55344 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIM2P55344 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIM2P55344 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIM2P55344 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIM2P55344 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIM2P55344 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIM2P55344 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIM2P55344 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIM2P55344 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIM2P55344 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIM2P55344 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIM2P55344 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIM2P55344 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIM2P55344 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIM2P55344 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIM2P55344 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIM2P55344 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIM2P55344 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIM2P55344 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIM2P55344 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LIM2P55344 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIM2P55344 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIM2P55344 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIM2P55344 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIM2P55344 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIM2P55344 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIM2P55344 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIM2P55344 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIM2P55344 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIM2P55344 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIM2P55344 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIM2P55344 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIM2P55344 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIM2P55344 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIM2P55344 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIM2P55344 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIM2P55344 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LIM2P55344 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIM2P55344 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIM2P55344 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIM2P55344 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIM2P55344 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIM2P55344 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
LIM2P55344 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIM2P55344 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIM2P55344 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIM2P55344 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIM2P55344 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIM2P55344 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIM2P55344 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIM2P55344 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIM2P55344 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIM2P55344 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIM2P55344 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIM2P55344 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIM2P55344 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIM2P55344 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.5 ms