Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC34.75■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
COL18A1P39060 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
COL18A1P39060 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC34.63■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC34.62■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC34.62■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL18A1P39060 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC34.56■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL18A1P39060 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC34.48■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC34.48■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.11
COL18A1P39060 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms