Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
RNF40O75150 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
RNF40O75150 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
RNF40O75150 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
RNF40O75150 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
RNF40O75150 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
RNF40O75150 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
RNF40O75150 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
RNF40O75150 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
RNF40O75150 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
RNF40O75150 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
RNF40O75150 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
RNF40O75150 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
RNF40O75150 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
RNF40O75150 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
RNF40O75150 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
RNF40O75150 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
RNF40O75150 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RNF40O75150 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RNF40O75150 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RNF40O75150 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
RNF40O75150 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RNF40O75150 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
RNF40O75150 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
RNF40O75150 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
RNF40O75150 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
RNF40O75150 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
RNF40O75150 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
RNF40O75150 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
RNF40O75150 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
RNF40O75150 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
RNF40O75150 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
RNF40O75150 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RNF40O75150 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RNF40O75150 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RNF40O75150 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RNF40O75150 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RNF40O75150 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RNF40O75150 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
RNF40O75150 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
RNF40O75150 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
RNF40O75150 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
RNF40O75150 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
RNF40O75150 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
RNF40O75150 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RNF40O75150 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RNF40O75150 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RNF40O75150 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RNF40O75150 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
RNF40O75150 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RNF40O75150 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
RNF40O75150 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
RNF40O75150 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
RNF40O75150 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
RNF40O75150 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RNF40O75150 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
RNF40O75150 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
RNF40O75150 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
RNF40O75150 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RNF40O75150 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RNF40O75150 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RNF40O75150 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
RNF40O75150 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RNF40O75150 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RNF40O75150 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RNF40O75150 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RNF40O75150 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RNF40O75150 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RNF40O75150 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
RNF40O75150 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RNF40O75150 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RNF40O75150 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RNF40O75150 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RNF40O75150 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
RNF40O75150 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RNF40O75150 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
RNF40O75150 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RNF40O75150 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
RNF40O75150 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms