Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SHOX2O60902 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHOX2O60902 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHOX2O60902 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHOX2O60902 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.4 ms