Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LMX1BO60663 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LMX1BO60663 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LMX1BO60663 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms