Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
TRERF1Q96PN7 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
TRERF1Q96PN7 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRERF1Q96PN7 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRERF1Q96PN7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRERF1Q96PN7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
TRERF1Q96PN7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRERF1Q96PN7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
TRERF1Q96PN7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
TRERF1Q96PN7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TRERF1Q96PN7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.71■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
TRERF1Q96PN7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms