Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LINC00643Q86TS7 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LINC00643Q86TS7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
LINC00643Q86TS7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms