Protein–RNA interactions for Protein: P51532

SMARCA4, Transcription activator BRG1, humanhuman

Predictions only

Length 1,647 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA4P51532 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC47.92■■■■■ 5.26
SMARCA4P51532 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.9■■■■■ 5.26
SMARCA4P51532 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC47.9■■■■■ 5.26
SMARCA4P51532 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC47.9■■■■■ 5.26
SMARCA4P51532 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC47.9■■■■■ 5.26
SMARCA4P51532 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.87■■■■■ 5.25
SMARCA4P51532 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC47.86■■■■■ 5.25
SMARCA4P51532 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.86■■■■■ 5.25
SMARCA4P51532 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC47.86■■■■■ 5.25
SMARCA4P51532 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.82■■■■■ 5.25
SMARCA4P51532 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC47.81■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC47.81■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.81■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC47.81■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.81■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC47.79■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC47.79■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC47.78■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.78■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.77■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC47.76■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC47.76■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.76■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC47.76■■■■■ 5.24
SMARCA4P51532 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC47.75■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.75■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC47.74■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.74■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.73■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC47.72■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC47.72■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC47.71■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC47.7■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.7■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC47.7■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.7■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC47.7■■■■■ 5.23
SMARCA4P51532 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.67■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC47.67■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC47.67■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC47.66■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.65■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC47.64■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.64■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC47.64■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.63■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC47.63■■■■■ 5.22
SMARCA4P51532 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC47.63■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.62■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.61■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.6■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC47.59■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC47.58■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.57■■■■■ 5.21
SMARCA4P51532 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC47.56■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.55■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC47.54■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.54■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.53■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.53■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.53■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC47.52■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.52■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.52■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC47.51■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC47.5■■■■■ 5.2
SMARCA4P51532 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.5■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC47.49■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.49■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC47.49■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC47.49■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC47.48■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC47.48■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC47.48■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.47■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC47.47■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC47.45■■■■■ 5.19
SMARCA4P51532 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC47.44■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.42■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC47.42■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC47.42■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.42■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC47.41■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC47.39■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.39■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC47.38■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.38■■■■■ 5.18
SMARCA4P51532 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.37■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC47.36■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.36■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.35■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC47.35■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC47.35■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.35■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC47.35■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC47.34■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC47.34■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC47.34■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.33■■■■■ 5.17
SMARCA4P51532 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC47.33■■■■■ 5.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.6 ms