Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
USP40Q9NVE5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
USP40Q9NVE5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC31.7■■■□□ 2.67
USP40Q9NVE5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
USP40Q9NVE5 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC31.67■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC31.66■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
USP40Q9NVE5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC31.61■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC31.6■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP40Q9NVE5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
USP40Q9NVE5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
USP40Q9NVE5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
USP40Q9NVE5 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
USP40Q9NVE5 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
USP40Q9NVE5 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC31.48■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
USP40Q9NVE5 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.44■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC31.42■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
USP40Q9NVE5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.35■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
USP40Q9NVE5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.3■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms