Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 MRPS6-202ENST00000477091 1061 ntTSL 516.55■□□□□ 0.246e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.086e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.156e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 MRPS6-205ENST00000488492 909 ntTSL 58.43□□□□□ -1.066e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 HMGN5-203ENST00000430960 578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)5.71□□□□□ -1.51e-6■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 HMGN5-205ENST00000447319 742 ntTSL 35.62□□□□□ -1.511e-6■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 HMGN5-202ENST00000373250 572 ntTSL 35.62□□□□□ -1.511e-6■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 HMGN5-207ENST00000491275 547 ntTSL 35.45□□□□□ -1.541e-6■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.244e-7■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.134e-7■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.14e-7■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 04e-7■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 NMU-206ENST00000515325 616 ntTSL 36.32□□□□□ -1.44e-7■■■■□ 23.3
CPSF6Q16630 PPP2R2A-218ENST00000522535 653 ntTSL 421.55■■□□□ 1.045e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-206ENST00000518254 755 ntTSL 512.74□□□□□ -0.375e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-211ENST00000520329 836 ntTSL 512.74□□□□□ -0.375e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-223ENST00000524169 784 ntTSL 312.62□□□□□ -0.395e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 CDC14A-201ENST00000336454 4137 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.45e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-207ENST00000518397 830 ntTSL 59.1□□□□□ -0.955e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-202ENST00000380737 3940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9□□□□□ -0.975e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-222ENST00000524099 569 ntTSL 48.97□□□□□ -0.975e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-220ENST00000523925 529 ntTSL 38.45□□□□□ -1.065e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-215ENST00000521557 601 ntTSL 48.1□□□□□ -1.115e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-209ENST00000519439 658 ntTSL 38□□□□□ -1.135e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-219ENST00000523473 654 ntTSL 47.41□□□□□ -1.225e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-216ENST00000522150 573 ntTSL 57.41□□□□□ -1.225e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-221ENST00000523964 567 ntTSL 47.33□□□□□ -1.245e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-214ENST00000521484 556 ntTSL 46.79□□□□□ -1.325e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-201ENST00000315985 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC6.32□□□□□ -1.45e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-217ENST00000522482 576 ntTSL 46□□□□□ -1.455e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-210ENST00000519636 575 ntTSL 55.8□□□□□ -1.485e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 PPP2R2A-213ENST00000521095 579 ntTSL 34.74□□□□□ -1.655e-6■■■■□ 23.2
CPSF6Q16630 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.012e-11■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 UPF3B-204ENST00000619445 1385 ntTSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.652e-11■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 UPF3B-201ENST00000276201 2378 ntTSL 1 (best) BASIC9.8□□□□□ -0.842e-11■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 UPF3B-205ENST00000636792 834 ntTSL 56.4□□□□□ -1.382e-11■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-215ENST00000469481 989 ntTSL 314.75□□□□□ -0.054e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-201ENST00000218089 5218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.24e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-202ENST00000371144 4281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.514e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-205ENST00000371160 6045 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.634e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-204ENST00000371157 5991 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.65□□□□□ -1.674e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 STAG2-203ENST00000371145 4393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.36□□□□□ -1.714e-9■■■■□ 23.1
CPSF6Q16630 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.478e-9■■■■□ 22.7
CPSF6Q16630 CENPF-201ENST00000366955 10307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.05□□□□□ -1.763e-6■■■■□ 22.7
CPSF6Q16630 PRPF4B-205ENST00000480058 6775 ntTSL 1 (best)6.1□□□□□ -1.433e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 PNN-201ENST00000216832 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.36□□□□□ -1.231e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 PNN-206ENST00000557680 912 ntTSL 36.55□□□□□ -1.361e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 TMEM161B-213ENST00000514135 2035 ntTSL 2 BASIC10.58□□□□□ -0.725e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 TMEM161B-201ENST00000296595 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.925e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 TMEM161B-205ENST00000506536 2328 ntTSL 5 BASIC8.71□□□□□ -1.025e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 TMEM161B-209ENST00000511087 2804 ntTSL 1 (best)8.41□□□□□ -1.065e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 TMEM161B-208ENST00000510089 7608 ntTSL 1 (best)2.75□□□□□ -1.975e-6■■■■□ 22.6
CPSF6Q16630 ANKRD17-210ENST00000561029 2717 ntTSL 521.11■□□□□ 0.972e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.98e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-226ENST00000631619 2457 ntTSL 517.4■□□□□ 0.388e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.212e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.028e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-216ENST00000475298 2362 ntTSL 1 (best)12.51□□□□□ -0.418e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-202ENST00000358602 10784 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.07□□□□□ -0.482e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-205ENST00000513908 852 ntTSL 29.46□□□□□ -0.92e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-203ENST00000509867 8105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.65□□□□□ -1.342e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-209ENST00000560507 563 ntTSL 36.37□□□□□ -1.392e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ANKRD17-207ENST00000558247 8456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)6□□□□□ -1.452e-13■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-215ENST00000474539 4799 ntTSL 1 (best)4.5□□□□□ -1.698e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-204ENST00000464316 3843 ntTSL 1 (best)3.73□□□□□ -1.818e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CCNL1-214ENST00000471247 3671 ntTSL 1 (best)3.32□□□□□ -1.888e-7■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-209ENST00000437652 911 ntTSL 324.18■■□□□ 1.465e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-205ENST00000412596 980 ntTSL 523.61■■□□□ 1.375e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PFDN4-205ENST00000493356 659 ntTSL 319.5■□□□□ 0.715e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.55e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.395e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.315e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-211ENST00000456325 812 ntTSL 316.14■□□□□ 0.175e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-210ENST00000441890 678 ntTSL 215.98■□□□□ 0.155e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.015e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.125e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.225e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-204ENST00000398395 3307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.235e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PFDN4-204ENST00000487129 762 ntTSL 213.36□□□□□ -0.275e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.345e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ZNF33B-203ENST00000465206 707 ntTSL 312.78□□□□□ -0.365e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-204ENST00000368504 1120 ntTSL 512.63□□□□□ -0.395e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-201ENST00000340096 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.415e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-203ENST00000380567 3736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.16□□□□□ -0.465e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.495e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 WDR37-201ENST00000263150 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.495e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-206ENST00000549939 653 ntTSL 511.7□□□□□ -0.545e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 LINC01194-203ENST00000513051 670 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.595e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 LINC01194-201ENST00000505196 540 ntTSL 1 (best)11.39□□□□□ -0.595e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-201ENST00000232978 7343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.17□□□□□ -0.625e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ZNF33B-205ENST00000486187 1941 ntTSL 210.8□□□□□ -0.685e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 WDR37-202ENST00000358220 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.695e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-207ENST00000557259 775 ntTSL 2 BASIC10.41□□□□□ -0.745e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-201ENST00000302533 890 ntTSL 310.18□□□□□ -0.785e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-209ENST00000490265 4259 ntTSL 210.03□□□□□ -0.85e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 CSTF3-203ENST00000438862 1132 ntTSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.845e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-206ENST00000510711 3126 ntTSL 29.51□□□□□ -0.895e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-202ENST00000398213 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.39□□□□□ -0.915e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-220ENST00000613315 3451 ntTSL 2 BASIC8.55□□□□□ -1.045e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 UBAP2L-202ENST00000343815 3411 ntTSL 1 (best) BASIC8.46□□□□□ -1.055e-6■■■■□ 22.5
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