Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM28Q13263 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
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