Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM28Q13263 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.4 ms