Protein–RNA interactions for Protein: Q6UVK1

CSPG4, Chondroitin sulfate proteoglycan 4, humanhuman

Predictions only

Length 2,322 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CSPG4Q6UVK1 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CSPG4Q6UVK1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CSPG4Q6UVK1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CSPG4Q6UVK1 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CSPG4Q6UVK1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CSPG4Q6UVK1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CSPG4Q6UVK1 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms