Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.11■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.11■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SNHG28P0DPA3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.06■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC31.04■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
SNHG28P0DPA3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC31■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
SNHG28P0DPA3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC30.93■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SNHG28P0DPA3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SNHG28P0DPA3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC30.81■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SNHG28P0DPA3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
SNHG28P0DPA3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.7 ms