Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SMCO3A2RU48 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.8 ms