Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LDB2O43679 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LDB2O43679 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LDB2O43679 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB2O43679 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB2O43679 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LDB2O43679 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB2O43679 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB2O43679 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB2O43679 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LDB2O43679 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LDB2O43679 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LDB2O43679 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LDB2O43679 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB2O43679 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB2O43679 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB2O43679 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB2O43679 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LDB2O43679 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 447.5 ms