Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
DDX28Q9NUL7 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms