Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
PKNOX1P55347 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms