Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.8 ms